1. Сектор за основно и средно образование;

Во Секторот за основно и средно образование има четири одделенија и тоа:

- Одделение за основно образование;

- Одделение за средно образование;

- Одделение за нострификација и еквиваленција на свидетелства и дипломи стекнати во странство;

- Одделение за децентрализација.

2. Сектор за високо образование;

Во Секторот за високо образование има три одделенија и тоа:

- Одделение за високо образование, меѓународна соработка, Темпус и CEPPUS;

- Одделение за поддршка на работата на Одборот за акредитација, Агенцијата за евалуација и Советот за високото образование;

- Одделение за еквиваленција и признавање на странски високообразовни квалификации.

3. Сектор за наука и технолошко-технички развој;

Во Секторот за науката и технолошко-техничкиот развој има две одцеленија и тоа:

- Одделение за науката и технолошко техничкиот развој и проекти во науката и технолошко-техничкиот развој;

- Одделение за меѓународна соработка во науката.

4. Сектор за финансиски прашања;

Во Секторот за финансиски прашања има четири одделенија и тоа:

- Одделение за буџетска координација;

- Одцеление за буџетска контрола;

- Одделение за сметководство и плаќање;

- Одделение за координација на јавни набавки.

5. Сектор за општи работи и подршка на министер;

Во Секторот за општи работи и подршка на министер има четири одделенија и тоа:

- Одделение за односи со јавноста и протокол;

- Одделение за капитално инвеститање;

- Одделение за ученички и студентски стандард;

- Одделение за информатичка дејност и управување со ИСОМ;

6. Сектор за нормативно-правни работи;

Во Секторот за нормативно - правни работи има две одцеленија и тоа:

- Одделение за нормативно правни работи во дејностите;

- Одцеление за правни и административни работи;

7. Сектор за Европска Унија;

Во Секторот за Европска унија има три одделенија и тоа:

ИПА Структура:

-  Одделение за преговори и интеграција на заедницата, координација на проекти и донации во образованието и науката;

- Одделение за имплементација и координација на ИПА Компонента I и IV; Одделение за мониторинг и евалуација на ИПА Компонента I и IV;