1. Сектор за основно и средно образование;
Во Секторот за основно и средно образование има четири одделенија и тоа:
- Одделение за основно образование;
- Одделение за средно образование;
- Одделение за нострификација и еквиваленција на свидетелства и дипломи стекнати во странство;
- Одделение за децентрализација.
2. Сектор за високо образование;
Во Секторот за високо образование има три одделенија и тоа:
- Одделение за високо образование, меѓународна соработка, Темпус и CEPPUS;
- Одделение за поддршка на работата на Одборот за акредитација, Агенцијата за евалуација и Советот за високото образование;
- Одделение за еквиваленција и признавање на странски високообразовни квалификации.
3. Сектор за наука и технолошко-технички развој;
Во Секторот за науката и технолошко-техничкиот развој има две одцеленија и тоа:
- Одделение за науката и технолошко техничкиот развој и проекти во науката и технолошко-техничкиот развој;
- Одделение за меѓународна соработка во науката.
4. Сектор за финансиски прашања;
Во Секторот за финансиски прашања има четири одделенија и тоа:
- Одделение за буџетска координација;
- Одцеление за буџетска контрола;
- Одделение за сметководство и плаќање;
- Одделение за координација на јавни набавки.
5. Сектор за општи работи и подршка на министер;
Во Секторот за општи работи и подршка на министер има четири одделенија и тоа:
- Одделение за односи со јавноста и протокол;
- Одделение за капитално инвеститање;
- Одделение за ученички и студентски стандард;
- Одделение за информатичка дејност и управување со ИСОМ;
6. Сектор за нормативно-правни работи;
Во Секторот за нормативно - правни работи има две одцеленија и тоа:
- Одделение за нормативно правни работи во дејностите;
- Одцеление за правни и административни работи;
7. Сектор за Европска Унија;
Во Секторот за Европска унија има три одделенија и тоа:
ИПА Структура:
- Одделение за преговори и интеграција на заедницата, координација на проекти и донации во образованието и науката;
- Одделение за имплементација и координација на ИПА Компонента I и IV; Одделение за мониторинг и евалуација на ИПА Компонента I и IV;
Најнови конкурси
- КОНКУРС за кофинансирање на билатерални проекти меѓу Република Македонија и Црна Гора за периодот 2013-2014 година
- КОНКУРС за стипендии за студиски престој во земјите членки на CEEPUS Програмата
- К О Н К У Р С за прием на ученици во јавните ученички домови во Република Македонија за учебната 2012/2013 година
- КОНКУРС за доделување еднократни финансиски средства за објавен научно-истражувачки труд во 2012 година
- К О Н К У Р С за доделување на стипендии од Министерството за образование, култура, спорт, наука и технологија (Monbukagakusho) на Јапонија за 2013 година


























