УНЕСКО како Организација на Обединетите Нации за наука, образование и култура во соодветните дејности и области реализира повеќе активности од доменот на својата надлежност со ставање акцент на развивањето на соработката со програмски активности, следејки ја нивната реализација. Во рамките на програмските активности на УНЕСКО, РМ се вклучува со бројни активности реализирани со проектна соработка, специјализации и студиски престои; публикации и документации; користење на консултантски и специјалистички услуги; опрема; конференции и состаноци.

Приоритетни области по Програмата за партиципација во науката се:

-наука , заштита на човековата околина и поддржување на развојот;
-водени интеракции;
-водата за потребите на човекот;
-образование за изградба на водени мрежи, и поддржка на развојот и сигурноста;
-вода-земја интеракции;
-еколошки науки;
-наука за Земјата: учење за Земјата и превенции за заштита од катастрофи, геологијата во служба на општеството;
-интеракција вода-земја;
-услови на живеењето во малите острови и приморските региони;
-менаџмент за заштита на морските брегови и климатски промени;

б)општествени и химанистички науки:

-етика во науката и технологијата;
-промоција на човековите права, мир и демократски принципи;
-филозофија, општествени науки и општествена безбедност;
-менаџмент во општествените трансформации-МОСТ

Приоритетни области по Програмата за партиципација во образованието се:

- основно образование за сите;
-основно образование за сите:постигнување на клучните цели;
-спроведување на ЕФА стратегијата;
-изградба на образовно општество;
-долгорочно основно образование;
-образование и глобализација;
-искоренување на силата, особено екстремната сила;
-придонесот на комуникацијата и информатичката технологија во развојот на образованието, науката и културата и создавање на образовно општество.

Проектната соработка се реализира преку Програмата за партиципација. Целта на оваа Програма е да се партиципира во националните и регионалните проекти на земјите членки. Партиципацијата за националните проекти на УНЕСКО е во висина до 26.000 USA $, а за регионалните проекти е во висина до 35.000 USA $.Овие средства што ги доделува УНЕСКО од буџетот се во форма на неповратна помош. Системот на УНЕСКО се реализира и се одвива по пат на биенални конкурси кои се проследуваат преку Националната Комисија за УНЕСКО на Република Македоноја.

Во 2004-2005 година по Програмата за партиципација на УНЕСКО, согласно објавениот Конкурс беа селектирани 6 проекти од областа на образованието и науката. Истите тие се проследени преку Националната Комисија на УНЕСКО на Република Македоноја до седиштето на УНЕСКО во Париз каде се врши нивната евалуација.

Во рамките на останатите активности на УНЕСКО Република Македоноја е вклучена со следните активности: одбележување на 16 ноември Светскиот ден на толеранцијата; одбележување на 5 октомври - Светскиот ден на наставниците; Светскиот ден на УНЕСКО-<<Наука за мир и развој>>; 21 февруари - меѓународен ден на мајчиниот јазик; субрегионални семинари за образование; комуникациски технологии и образование на далечина; младински креативни кампови; координирање на долгорочниот проект на УНЕСКО <<Здружени училишта - АСП мрежи>>; ликовни конкурси; и др.